Das Wasser der Ostsee ist Brackwasser, das heißt eine Mischung von Salz- und Süßwasser. Das brackige Oberflächenwasser, das durch eine hohe Süßwasserzufuhr aus Niederschlägen und Zuflüssen genährt wird, ist leichter als das salzhaltige Tiefenwasser, das aus der Nordsee einfließt. So bilden sich Schichten, und damit werden auch der vertikale Wasseraustausch und die Sauerstoffversorgung in tieferen Gebieten eingeschränkt. Unter Wasser erscheint die Ostsee grün, weil sie sehr viel Plankton enthält. Die Sicht beträgt häufig nur drei Meter.

Die Ostsee ist gastfreundlich - ein Meer der Zuwanderer. Sie beherbergt zum einen marine Wanderer: die Nordfische aus den kälteren Gewässern zwischen Norwegen und Island und die Südfische aus Ärmelkanal und Biskaya. Zum anderen haben die Fischarten aus dem angrenzenden Süßwasser hier eine neue Heimat gefunden.